Kamil Nešetřil

Geodata, informace, modely, software

Uživatelské nástroje

Nástroje pro tento web


Analýza obrazu

Analýza obrazu

postprocessing1) segmentace

  • DP z FZS: Teorie k segmentaci obrazu, informace o níže uvedených progra­mech včetně pochopi­telného pracovního postupu segmentace v programu ITK-SNAP.
  • Vizualizace a segmentace na virtuálním pitevním stole na TUL.

3D Slicer

3D Slicer

3D Slicer – velmi komplexní software zaměřený na analýzu (postprocessing: např. segmentace).

:!: Když se ztratíte, znovu zavřete program a znovu ho otevřete.

🔒 Ukázat několikrát.

Alternativy k programu 3D Slicer

3D Slicer je náročný na ovládání i výpočetní výkon. Proto můžete zvolit alternativy:

ImageJ

  • Homepage – možno nainstalovat (Java), ale radši ne
  • použít hned online 👈 názorné – Doporučuji.3)
    • Vzorové obrázky: FileOpen Samples (i radiologické)

Můžete upravovat běžné obrázky pro bakalářku, i používat obrovské množství metod pro úpravu a analýzu obrazu.

ImageJ podporuje skripty v různých jazycích,
příklady jsou přímo v aplikaci

Další

🔒 Výsledek jen ošklivý černobílý obrázek: TotalSegmentator — Využit Sample NIfTI image.

🔒 Drishti – jednoduché, tomografie, nezkoušel jsem.

🔒 Metody zpracování obrazu

  • zvýraznit anatomické struktury (např. nádor),
  • zvýraznit hrany orgánů (např. pomocí detekce hran).
  • odhalit abnormality,
  • změřit velikost objektů,
  • zlepšit čitelnost obrazu (normalizace jasu, úprava kontrastu)
  • odstranit šum
  • Gaussovský filtr – rozmazání obrazu, potlačení vysokofrekvenčního šumu,
  • Mediánový filtr – odstranění impulsního šumu při zachování hran,
  • Laplaceův filtr – detekce hran na základě druhé derivace,
  • Sobelův operátor – zvýraznění hran pomocí první derivace (gradientu).



Kurz je financován v rámci projektu
Rozvoj lidských zdrojů TUL pro zvyšování relevance, kvality a přístupu ke vzdělání v podmínkách Průmyslu 4.0 (ROLIZ 4.0), reg.č. CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_015/0002329. Licence Creative Commons: Uveďte původ – Zachovejte licenci

1)
preprocessing je úprava raw dat
2)
portable varianta se neosvědčila
3)
Přepsaná verze (Fiji) vypadá slibně, ale nefunguje mi. 🐭 samostatná práce: představit a ukázat jednu metodu
4)
👁 saved state .pvsm
Poslední úprava: